首先，在開具發票的時候，應該根據實際情況準確開具發票，以免出現這類問題。但是，當涉及到開具發票差額時，應進行如下處理： 1）先把實際收費金額記入銀行流水，便于隨時查閱； 2）如果金額有所減少，則在發票上注明“實付款金額為900元，現金收款900元”，讓當事人簽字確認，并在確認書上注明：“實際收費金額900元”，以及記錄詳細的扣款情況； 3）如果金額有所增加，確認書上應注明：“實際收取金額1000元，現金收取金額900元，等當事人補足100元發票金額后，方可開具發票”，讓當事人簽字確認，以減少稅務調查風險； 4）把出票時的實際收入和開票情況進行記錄，包括發票編號、開票日期及稅價等，以便于查詢和查賬； 5）定期向稅務機關進行申報，以便排除稅務風險。 以上是關于開具發票差額時，應如何處理的拓展知識，發票差額問題一定要妥善處理，以免影響財會正常運轉，也要減少稅務調查風險。