那再在扣除項填寫社保和專項扣除的金額嗎？

對這些金額肯定也得填上的。

老師， 本期收入直接填寫扣除社保 以后的金額，扣除社保項目欄就不填金額了，可以嗎?

不行，必須得填，扣除社保之前的金額。

老師， 那每個員工的社保金額填列是不是要一個一個查詢出來社保扣除金額，再一個一個的手動填列減去？

對，沒錯，就是一個一個的手動填寫。