通行費增值稅電子普通發票可以按發票金額的3%進行計算抵扣，高速公路通行費可抵扣進項稅額=高速公路通行費發票上注明的金額÷（1+3%）×3%。在申報的時候，可以在增值稅發票勾選系統里面進行勾選認證，然后再申報的時候讀入抵扣。