那這個收入確認的數依據什么計算呢

根據完工進度，你的總收入乘以完工進度率。

那比方說完工進度達到一個比例時，會出現成本比收入大的可能嗎？目前我們一個項目的實際成本已經超出了收入金額，這個確認收入時的差額就放在工程毛利里對嗎？

可以的，也可以這么做的。