工商年報的填寫要注意哪些問題才不違規?

按公司實際填寫就可以了。

因為是小規模公司，企業開普票的金額少，無票收入多，這種情況如何申報增值稅?

無票的都過公賬嗎？可以適當的確認點收入交稅。