那員工辭職后支付給他獎金呢？怎么計算？需要在個稅系統里申報嗎？

獎金的話就可以按照年終獎來計算。

可能會發兩筆，一筆補充醫療保險門診費，一筆年終獎

這個你直接就按照一比發放就行了。

發給員工不同的銀行卡上，可以合并在一起按全年一次性獎金計算嗎？

可以，沒問題，只要是給一個員工就行。

兩筆錢必須在同一時間嗎？在同一個月行不行？

只要是在同一個月就是可以的。

發給員工的不管是退休還是離職的，都要在個稅系統里申報嗎？

對都是在這個系統里面申報的。

系統里員工是離職狀態，不能扣除基本費用5000元呢

需要把這個人的狀態改成正常才行

改了以后在專項附加扣除信息里顯示了5000元，但是在申報以后又沒有扣除5000元

按理說就是可以扣除的呀。

需要改變任職受雇時間嗎？還是把狀態改為正常就可以了？

這個你可以改變一下時間試試。

改任職時間會影響我們的殘保金的計算嗎？

這個并不會影響你們殘保金的計算。