小規模在申報表和附列資料都沒有不開票收入的相應欄次，僅填寫10欄會不會導致預警？

這個一般不會的，只要是真實正常的都沒關系。

如果下個會計期間客戶要求補開發票(假設是2萬元)，當期還有未開票1萬元和開票的3萬元，如何申報？

都不要交稅的話，計入第十欄。交稅的還是計入第一和第三欄。你根據當月的實際來填寫。