這樣不合理，如果是與A公司簽的合同發生的業務，應該開票給A公司，你公司應將發票退回讓其重新開給A公司；如果是與B公司發生的業務，只是由A公司代付貨款，則可以簽訂一份委托代付協議，明確該款項的實際支付方為B公司，A公司僅為代付，需要三方在協議上蓋章確認。