那經營所得—運輸費可以嗎？

可以的。可以這樣開具處理的

請問老師經營所得—運輸費和建筑服務—運輸費有什么區別，個人所得稅稅率扣除一樣嗎？

你如果說是去稅務機關去代開這個發票，他都會給你核定一個稅率，直接按照核定的交就行了。