那如果后續在結算的時候結算的金額比合同金額少了，那印花稅會退嗎

一般不退稅的，具體按你當地稅務局規定。

那我要是按照現在合同的金額來申報印花稅不是虧了，為什么不能根據發票金額來申報呢，發票一般是根據進度開的，一般也不會開超，這樣根據開票金額來申報印花稅，不是更合理嗎

如果你是這種情況，你可以先不寫金額這樣就按五元先交后面按實際金額繳納。