但是為什么個人代開發票的時候，印花稅是自動顯示為含稅的金額呢

這個印花稅里規定是，如果合同約定了不含稅金額的，按不含稅金額進行申報，如果沒有約定的，按含稅金額進行申報，這個應該是系統設定成這樣了。