同一家公司可以分別開這兩種票嗎？

這個同一家公司經營不同的業務，就可以開不同的稅率的發票。

如果是包工包料的，應該怎么開具發票呢？

包工包料，這個分開開具發票，按不同的稅率開具發票，不能分開開具發票的，從高征收，按13%的稅率開具發票。

3%的簡易計稅是需要去稅務局申請的嗎？是怎么認定的？

這個是需要申請認定的簡易計稅的。需要稅務審批同意的項目。

老師，如果提供勞務的同時，有些輔助材料，并取得了進項票，那輔料和勞務費也要分開開具發票嗎?

這個是屬于不同的事項開個發票。稅率不同。