兩種方式各有利弊。 分公司（分支機構）： 優勢：1）不用單獨核算、單獨報表，賬務處理放在總部；2）如果是同城，可合并納稅，由總部交稅，分公司不用自己納稅；3）收入合并，可以迅速升為一般納稅人。 缺點：1）如果內部單獨核算，等于重復賬務處理，增加工作量；2）需要定期將票據交總部，財務信息滯后；3）如果不想成為一般納稅人，收入合并后月銷售額較大，不可避免；4）無法進行關聯方交易。 個體工商戶： 優勢：1）可以享受國家2萬元以下免稅的優惠政策；2）可以按定額或核定稅率納稅；3）不要求規范建賬和會計報表；4）便于分開核算收入、成本、費用等。 缺點：1）很難成為一般納稅人；2）申領發票面額較小，一般是千元版或萬元版；3）需要單獨納稅。 不論哪種方式，都不影響你的集團組織結構，也不影響你的連鎖經營（如集中采購）。 上述利弊自己衡量，選擇對自己最有利的形式注冊吧。