運用發票不能用于退稅，退稅只能用購進貨物的專用發票上的不含稅金額*退稅率。抵扣問題，沒有明確的界定，要抵扣就認證，不抵扣，認不認的無所謂.因為運費是很難確定是運的外銷產還是內銷產品。如抵扣需是國內運費發票.有抵扣聯的那種。