應付職工薪酬年末不是不能有余額嗎？

可以有余額的，你當月的工資次月發不就有余額嗎？

那匯算清繳的時候，《企業會計準則附注》這張報表（三）應付職工薪酬、應交稅費項目的說明需要填寫嗎？

這個可以選擇填寫的。

可以不填寫嗎？

你好，可以不填寫的。