個人所得稅法的免稅的福利費里面有一條，發給困難職工的補助是免個稅。這種情況，能算嗎

這個是符合這條規定的。您公司這個只是去世慰問金嘛，不是困難補助。

如果是員工自己染病 公司給的補貼算困難補助嗎

這個可以，是不征收個稅的。

免稅的話，需要留存什么資料證明員工困難嗎？

比如您公司困難職工管理制度，以及該員工發生困難情況的說明資料或病歷等證明的確困難。