1、個人獨資企業必須要有固定的生產經營場所和合法的企業名稱，而個體工商戶可以不使用字號名稱，也可以沒有固定的生產經營場所而流動經營。 2、個體工商戶的投資者與經營者為同一人，必須是投資設立個體工商戶的自然人。 個人獨資企業的所有權與經營權可以分離，但是個體工商戶的所有權與經營權是集于投資者一身的，已不能適應于現代企業制度發展的要求，所以它只能適用于小規模的經營主體。 3、個人獨資企業可以設立分支機構，也可以委派他人作為個人獨資企業分支機構負責人。 個人獨資企業不但可以在登記管理機關轄區內設立分支機構，也可以在異地設立分支機構，由設立該分支機構的個人獨資企業承擔責任。而個體工商戶根據規定不能設立分支機構。 4、個人獨資企業與個體工商戶的法律地位不同。 在民事、行政、經濟法律制度中個人獨資企業是其他組織或其它經濟組織的一種形式，能以企業自身的名義進行法律活動。而個體工商戶是否能夠作為其它組織或其它經濟組織的一種形式，一直是國內民法學家的爭論對象。 5、個人獨資企業與個體工商戶在財務制度與稅收政策上的要求不同。 根據《個人獨資企業法》的規定,個人獨資企業必須建立財務制度，以進行會計核算。而個體工商戶由于情況復雜，是否要建立會計制度爭論較多，在即將實施的新《會計法》中也只作了原則規定。稅務部門認定一般納稅人和小規模納稅人的標準并不是以企業的市場主體地位不同而劃分的。一般來說，個體工商戶較難認定為一般納稅人，而個人獨資企業如符合條件可以被認定為一般納稅人。