您的意思是增值稅是以主營收入發生額為計算依據嗎？不是以工程結算科目發生額為計算依據嗎？

以進度結算啊 上面的回答就是進度結算 結算--開票--繳稅 收入是單獨的

這樣所得稅報表的收入和增值稅報表的收入會對應不上？

建筑業收入和開票對不上屬于正常現象，沒有關系。

有相關的文件嗎？

這個不需要相關文件。你去問一下，你的主管稅務機關都知道。行業因素決定的。

如果不是因為預收賬款的關系，僅僅因為進度結算金額和百分比收入有差異，這種情況導致增值稅收入和所得稅收入不同，會有問題嗎？

不會有問題的。你只需要項目完工的時候，這兩個數據是一樣的就可以。完工百分比法面臨的就是這樣的問題。