納稅人應進行土地增值稅清算的情形有：(1)房地產開發項目全部竣工、完成銷售的；(2)整體轉讓未竣工決算房地產開發項目的；(3)直接轉讓土地使用權的。若取得銷售(預售)許可證滿三年仍未銷售完畢的，稅務機關可要求納稅人進行土地增值稅清算。