1、兩者依據不同 竣工決算審計依據《審計法》和審計署發《基本建設竣工決算審計工作要求》進行，基建審計內容為 （1）竣工決算編制依據； （2）項目建設及概（預）算執行情況； （3）建設成本； （4）交付使用資產； （5）尾工工程； （6）結余資金； （7）基建收人； （8）投資包干結余； （9）投資效益評價。 主要根據國家的審計法和相關規定，對建設項目竣工決算進行審計，主要審查概（預〕算在執行中是否超支，超支原因，有元隱匿資金；隱瞞或截留基建收人和投資包干結余、以及以投資包干結余名義分基建投資之類的違紀行為等等。 工程造價審店主要是根據國家有關法規和政策，依據國家建設行政主管部門頒發的工程定額I、工程消耗標準、取費標準以及人工、材料、機械臺冊價格參數、設周一圖紙和工程實物量，村工程造價的確人和控制進行有效的監督檢查。在工程項目實施階段，以承包合同為基礎，在竣工驗收后結合施工變更、工程簽證。情況，作出符合施工實際的竣工造價中查結果，它是承發包雙方結算的依據，也是工程決算的基礎資料和依據。 2、兩者標的不同 審計以基建項目為標，包括資金來源、基建計劃、前期工程、征用土地、勘察設計、施工實施的一切財務收支； 工程造價審核以單位工種為標的，只對單位工程造價的合理負責。 3、兩者從業人員不同 審計與工程造價審核是兩個截然不同的專業學科，審計以會計師、審計師為主；而工程造價審核以工程經濟和工程技術人員為主。目前國家正在實行注冊造價工程師制度，今后的工程造價審核，將以造價工程帥為主。 4、兩者法律效力不同 審計機關和被審計單位是一種審計行政法律關系，審計機關的審計監督只對被審計單位產生法律效力，對其它單位不產生連帶法律約束力。凡對建設單位投資項目進行的審計結果，對施工單位的造價結算不具有約束力。 工程造價中的工程結算審核，以施工承包合同為基礎．以承發包雙方發生的實物交易為依據，按照國家或地方施工工、料、機消耗標準進行核算，對雙方有約束力。其工程結算審核結果可作為雙方結算的法律依據。 5、兩者的目的不同 審計定義為：由獨立的機構和人員檢查被審計中位的會計憑證、會計帳本、會計報表以及其他與財政收支、財務收支有關資料和資產，監督財政收支、財務收支是否真實、合法和有效的行為。審計的目的是加強對公有制投資者資金進行有效的控制，減少投資者濫用職權截留資金，轉移資金于小金庫，造成建設資金流失，是市違法違規行為。其職能是一種監督行為。 工程造價審核是運用科學、技術原理和經濟法律手段，解決工程建設活動中工程造價的確定與控制．從而達到提高投資效益的經濟效益目的的行為，是確定造價的實施過程和行為。 綜上所述，根據項目審計與工程造價審核在依據、標的、目的、法律效力、從業人員等方面是有本質區別。