工程只是部分完工，開的部分工程款發票，并且收到了部分工程款發票，這個做在工程結算里面嗎？

是的，開了多少發票就做多少收入。

我的科目里面只有工程結算，沒有工程結算收入，是不是應該入到主營業務收入

你如果沒有這個科目就做到主營業務收入好了。這個是專門針對工程的會計科目。