可是對方一定要這樣做啊，現在好多公司都這樣，總部付款了，能不能叫分公司出個代付證明就可以了？

這個合同當時是你們與分公司還是總部簽訂的？

和總部簽的，因為分公司還沒有成立好章什么都沒弄好，現在就是要我們進場施工，就要先簽合同

合同是與總部簽訂的，付款是總部付的，發票開給總部下的分公司，這種情況看，最好是變更合同為三方協議，或者分公司與總部簽訂委托協議，確保三流一致。