一、預售時的差異：首先是預繳（征）計稅依據的差異。其次是預繳（征）范圍的差異。最后是預繳（征）率的差異。二、交房時的差異：預繳增值稅的房地產應按適用稅率或征收率計算當期應納稅額，抵減已預繳稅款后申報納稅，此時計算當期應納稅額的計稅依據與預繳增值稅的預繳計稅依據是一致的。營改增后，納稅人轉讓房地產的土地增值稅應稅收入不含增值稅。也就是說要對土地增值稅預征收入進行調整或進行負數申報。三、清算后的差異：土地增值稅實行先預征后清算的制度，清算后預繳增值稅與預征土地增值稅的差異主要有兩方面：第一，“多退少補”規定不同。第二，預繳（征）截止期限不同。