我的意思是，現在是建廠第二年，今年的一些費用還可以記入開辦費嗎

是的，只要還出于籌建期，仍然可以計入管理費用-開辦費科目核算的。

購入的一些安裝機器使用的工具和備件，我是記入管理費用合適還是制造費用合適，還是在建工程，消費5000以下

工具和配件的話，建議可以先計入周轉材料--低值易耗品/配件科目核算，等以后實際領用時，再結轉相關費用科目核算。