簽了代付協議，材料發票開給我們，這樣如何賬務處理

如果發票直接開給你們，這部分票你還需要給施工方開具發票嗎

暫時不需要

我代施工方支付了材料款，材料公司開具增值稅發票，我取得發票同時支付材料款，如何做分錄

雖然實質上是你代施工方支付了，但是原始憑證的證明卻是你企業自己購的材料。 按你企業購入材料處理。 借：原材料 貸：銀行存款 后期再做領用，計入相關成本。

代付款后期施工費用在總包款中扣除，也是這樣做分錄嘛

如果要在以后扣除。購入時的處理是一樣的。領用時 借：其他應收款 貸：原材料 扣除時沖其他應收款