稅務系統設置問題 預算分配比例設置錯誤：稅務機關在系統中設置的預算分配比例有誤，比如總、分公司稅款分配比例不符合規定，導致與國庫接收的標準不匹配 。 預算科目對應錯誤：匯算清繳涉及的預算科目在稅務系統中設置錯誤，使稅款無法按正確路徑進入國庫。 三方協議相關問題 協議信息變更未同步：公司銀行賬戶信息、稅務登記信息等發生變更后，未及時同步更新三方協議，導致繳款時信息不一致。 協議備案錯誤：當初簽訂三方協議時，在稅務、銀行等系統備案的信息不準確或不完整，影響繳款。 總分機構分攤問題 分攤計算錯誤：總、分公司應分攤稅款計算有誤，導致最終繳納金額與國庫預期不一致。比如總分機構分攤比例計算依據的營業收入、職工薪酬、資產總額等數據有誤。 分攤政策適用錯誤：未正確適用總分機構匯總納稅分攤政策，采用了錯誤的分攤方式。