匯算清繳時預扣稅額比實際繳納的企業所得稅大，原因包括享受稅收優惠政策、存在納稅調整事項（如收入和扣除項目調整）、彌補以前年度虧損以及預繳計算不準確（如稅率適用錯誤、應納稅所得額計算錯誤）等。