退稅通常以出口貨物離岸價格為基礎計算，貨款因質量問題被扣導致實際收款減少，計算退稅的價格基礎降低，退稅額會相應減少。同時，增值稅專用發票金額與收款不符，可能導致稅務合規問題，若按原發票金額申報退稅而實際收款減少，可能不符合退稅條件。