我沒明白第三方是什么意思、金額還比較大，而且沒有發票，我怎么才能合法從賬上套出這個錢

就是你銷售給A，支付給B的，這就是第三方，沒有發票，正常做賬，但是抵扣不了所得稅。拿著銀行回單留存好了合同。

對，我銷售給A、B給我付錢、B付過錢后還要給B再返回去一部分、這個沒有合同，如果計入費用沒有發票、也沒有合同怎么辦

沒有發票，匯算清繳納稅調增，這個沒有關系，補上一個合同。