但這部分員工是通過勞務派遣公司發放工資，到時候個稅應該怎么處理

你走不走這個科目該涉及還是涉及的

人員關系沒在公司，應該不用申報個稅。或者我不通過這個課目直接接：生產成本/制造費用/人工費，貸：應付賬款

也可以 你不通過這個科目核算也不算錯誤

還有一個問題，當月收入不確定要不要暫估入賬

我覺得沒必要暫估，還是開票確認收入

一般是次月開票，那我上個月的報表就沒收入，只有成本費用

沒事，這么申報也沒啥