系統自動減掉了這部分收入

你好，這個就看當地稅務局的要求了，因為這個水利建設基金本身是屬于地方性的稅收，不是每個地方都收，看當地的政策。一般情況下你按照系統來就可以了。

兼職人員每月發放幾百的工資，做工資表，通過應付職工薪酬，那么所得稅申報時填寫從業人數包括這部分人嗎

你好，你如果當做應付職工薪酬的話，就要包括進去的。