耕地占用稅是在全國范圍內，就改變耕地用途的行為在土地取得環節一次性征收的稅種，目的是保護耕地。

而城鎮土地使用稅是在城市、縣城、建制鎮和工礦區范圍內，在土地的持有和使用環節征收的一種稅，目的是引導企業集約、節約土地，促進土地資源的合理配置。

城鎮土地使用稅按年計算，分期繳納。城鎮土地使用稅和耕地占用稅是在不同環節征收的稅種，因此，占用耕地的納稅人在繳納耕地占用稅以后，在土地持有和使用過程中仍要繳納城鎮土地使用稅。但是在占用耕地的當年，考慮到納稅人已經支付了較高的補償費、繳納了耕地占用稅，因此，《城鎮土地使用稅暫行條例》將其繳納城鎮土地使用稅的納稅義務發生時間設置為批準征用耕地的1年以后，從而保證耕地占用稅和城鎮土地使用稅的合理銜接。