物流公司運費的會計分錄如下：

借：運費支出賬戶（費用類科目）

貸：應付運費賬戶（負債類科目）

具體金額根據實際情況而定。這個分錄的意思是，將物流公司支付的運費支出記入費用類科目中，同時將應付運費賬戶中的金額增加，表示物流公司需要向運輸公司支付的運費金額。