如果企業多扣了員工的個稅，需要將多扣的部分退回給員工。具體做法如下：
1. 根據員工實際的應納稅所得額和稅率，重新計算員工的個稅應扣金額。
2. 計算員工實際應扣個稅金額和企業實際扣繳個稅金額的差額，這部分差額即為多扣的個稅金額。
3. 將多扣的個稅金額記入企業的其他應付款科目，同時在企業的財務報表中披露該項應付款。
4. 向員工支付多扣的個稅金額，并在企業的財務報表中披露該項支出。

需要注意的是，企業在處理多扣員工個稅退回時，應當遵循相關稅法規定，確保合法合規。同時，企業應當保留好相關的憑證和記錄，以備稅務機關審查。