會計檔案保管期限結束后，企業應該按照相關規定進行處理。一般來說，會計檔案保管期限為5年，但是對于涉及到稅務、審計、訴訟等特殊情況的會計檔案，保管期限可能會更長。

在保管期限結束后，企業應該按照以下步驟處理會計檔案：
1. 進行清點：對所有會計檔案進行清點，確保檔案完整無缺。
2. 進行整理：對檔案進行整理，按照年度、科目、憑證號等方式進行分類。
3. 進行銷毀：對于已經過期的會計檔案，應該進行銷毀。銷毀時應該采取安全、環保的方式，如通過專業機構進行文件銷毀或者進行機密文件碎紙處理。
4. 進行歸檔：對于尚未過期的會計檔案，應該按照相關規定進行歸檔，確保檔案安全可靠。

需要注意的是，對于重要的會計檔案，企業應該在保管期限結束后繼續進行保管，以備后續可能的審計、稅務、訴訟等需要。