行政事業單位建立與實施內部控制的主要原則有以下幾個方面：

　　1.全面性原則

　　內部控制應當貫穿決策、執行和監督全過程，覆蓋企業及其所屬單位的各種業務和事項。因為，在內部控制程序的所有環節中，有一個環節沒有發揮作用，所有起作用的環節，也會變得無用。

　　2.重要性原則

　　內部控制應當在全面控制的基礎上，關注重要業務事項和高風險領域。行業、規模、性質、所處地域、組織形式等不同，高風險領域不同。內部控制不能防范所有風險，但要關注重要業務事項和高風險領域，防范顛覆性風險。

　　3.制衡性原則

　　內部控制應當在治理結構、機構設置及權責分配、業務流程等方面形成相互制約、相互監督，同時兼顧運營效率。內部控制的核心思想是權力平衡，制約對象是權力，權力分配合理，約束適當是內部控制的難點。內部控制過于復雜會影響效率，風險大的業務，首先是防范風險，其次才是兼顧運營效率。

　　4.適應性原則

　　內部控制應當與行政事業單位的規模、競爭狀況和風險水平等相適應，并隨著情況的變化及時加以調整。內部控制不能拷貝，也不能克隆。別人的成功經驗，拿過來不一定能用。行政事業單位發展的不同階段、外部環境的變化、戰略目標的調整等，內部控制要隨之變動。

　　5.成本效益原則

　　內部控制應當權衡實施成本與預期效益，以適當的成本實現有效控制。

　　內部控制的設計和運行受制于成本與效益原則。成本小于效益，是任何理性的管理活動都必須遵循的法則。

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