國務院總理溫家寶26日主持召開國務院常務會議，會議決定，從2012年1月1日起，在部分地區和行業開展深化增值稅制度改革試點，逐步將目前征收營業稅的行業改為征收增值稅。（一）先在上海市交通運輸業和部分現代服務業等開展試點，條件成熟時可選擇部分行業在全國范圍進行試點。（二）在現行增值稅17%標準稅率和13%低稅率基礎上，新增11%和6%兩檔低稅率。(三)試點期間原歸屬試點地區的營業稅收入，改征增值稅后收入仍歸屬試點地區。試點行業原營業稅優惠政策可以延續，并根據增值稅特點調整。納入改革試點的納稅人繳納的增值稅可按規定抵扣。

　　自從，長期困擾運輸業的營業稅重復納稅問題得到根本上的解決。但是，在問題解決的同時，新的稅收征管問題也浮出水面。

　　運輸業稅率該多少？

　　增值稅稅改擴容后，上海地區的運輸業稅率該是多少哪？按國務院的規定，增值稅稅改擴容后增加11%和6%兩檔稅率，可見，運輸業的稅率不是11%就是6%。考慮到目前，企業取得非試點地區運輸企業開具的運輸業專業發票可以按7%計算抵扣額，那么，上海地區的運輸業稅率就應該高于7%，因此，我們可以推論，上海地區運輸業的增值稅適用稅率應該是11%。

　　汽車、輪船和飛機如何抵扣？

　　增值稅稅改擴容后，上海地區的運輸業需要繳納增值稅，相應的其獲得的進項稅可以抵扣。對于運輸企業來說，除房地產外，其主要有價值的固定資產就是汽車、輪船和飛機等運輸工具，這些運輸工具的進項稅是否可以抵扣？如何抵扣？

　　汽車、輪船和飛機等運輸工具其價值相對較高，尤其是輪船和飛機，如果允許其一次性抵扣進項稅，那么這些運輸企業估計幾年內都不需要繳納增值稅了。如果平均按一定年限，比如折舊年限來抵扣，那么這些進項稅就無法直接納入防偽稅控系統，必須依靠企業的會計系統，或者稅務機關單獨建立一個稅控系統才能很好的控制，這無疑很大的提高了稅收征管成本。

　　考慮到擁有輪船和飛機的運輸企業多是大型企業，企業內部控制相對健全，會計核算系統相對嚴密，依靠企業會計核算系統分次分期抵扣進項稅相對容易控制。而擁有汽車的運輸企業很多都是相對規模較小，如果單獨依靠企業會計核算系統控制分次分期抵扣進項稅，則無疑較大提高了對企業會計核算水平的要求；如果建立一套單獨的稅控系統來控制，則征管成本相對比較高。因此，允許汽車等價值較小的固定資產一次性抵扣，而輪船飛機等價值較大的固定資產分次分期抵扣進項稅是個比較合理的選擇。

　　港口和倉儲費用抵扣

　　運輸企業在經營業務中必然發生港口和倉儲等支出，這部分支出如何抵扣？如果將港口和倉儲等經營單位列入現代服務業，其適用稅率很可能為6%，而運輸企業很可能適用稅率為11%，那么其差額5%就是運輸企業實際負擔的部分理論稅負（實際稅負可能低于5%，因為運輸企業的固定資產和油料等獲得的進項稅稅率是17%）。但是，如果運輸企業支付給非試點地區的港口和倉儲等單位的支出，因為無法獲得進項稅，而稅負則相對可能提高。

　　輪船和飛機的保險費

　　目前看，金融業納入現代服務業征收增值稅的可能性比較低，而對于航運和空運企業來說，運輸工具本身的保險費和運輸業務的保險費都是比較大的支出，這部分支出無法獲得進項稅抵扣，對于航運和空運企業來說是個比較大的問題。