審計署2011年2月16日公布了45個縣市區新型農村合作醫療基金審計調查結果。審計發現，全椒縣、大洼縣、西豐縣、鳳城市、岳池縣5個縣挪用新農合基金2738.18萬元，用于發放企業職工基本養老保險金等。

　　按照黨中央、國務院要求，各省區市于2003年啟動了新農合試點工作，并于2008年開始全面推行，目標是到2010年在全國建立基本覆蓋農村居民的新農合制度，減輕農民因疾病帶來的經濟負擔，提高農民的健康水平。

　　2010年5月至6月，審計署對遼寧、黑龍江、江蘇、安徽、福建、河南、湖北、湖南、四川等9個省所轄的45個縣市區2009年1月至2010年5月新農合基金的籌集、管理、使用和相關政策落實情況進行了審計調查。

　　審計調查表明，相關地區基本實現了新農合制度廣覆蓋目標，緩解了農民因病致貧、返貧問題，方便了農民就診報銷，沒有發現大的違紀違規問題。但審計也發現少數縣和基層衛生院在具體執行政策、基金管理使用中還存在一些問題。

　　除上面提到的挪用新農合基金問題外，審計還發現：

　　——舒城縣、霞浦縣、龍海市、建陽市、福鼎市、汨羅市6個縣新農合經辦機構虛報參合人數4925人套取財政補助資金37.30萬元。

　　——彰武縣、固始縣、肥東縣、廬江縣、巢湖市居巢區、興化市、閩侯縣、霞浦縣、龍海市、福鼎市、汨羅市、龍山縣、武漢市東西湖區、岳池縣14個縣的新農合經辦機構審核把關不嚴，擅自擴大補償范圍和提高補償標準，向8118人多支付新農合補償資金487.80萬元。

　　——延伸調查的97個鄉鎮衛生院中，有47個鄉鎮衛生院為收取住院費用給門診患者辦理虛假住院手續并報銷，共計2447例；有4個鄉鎮衛生院利用虛假病歷等獲取新農合補償56.78萬元。

　　審計指出后，相關地方及時進行了糾正和整改。

　　此外，審計調查中還發現，在新農合政策執行方面存在一些需要研究解決的新問題，如信息化建設有待進一步加強、基本藥物制度中的藥品采購有待進一步規范、新農合制度的保障水平有待進一步提高等。