日前，為加強出口退稅管理，有效防范和打擊騙取出口退稅，國家稅務總局根據騙取出口退稅活動的新特點，制定了《出口貨物稅收函調管理辦法》（國家稅務總局公告2010年第11號），自2010年9月1日開始施行。
辦法指出，各地對出口企業出口貨物的函調發函工作，由主管稅務機關的退稅部門（下稱退稅部門）負責，對出口貨物供貨企業（下稱供貨企業）的函調復函工作由供貨企業所在地的縣以上稅務機關（下稱復函地稅務機關）的稅源管理部門或相關部門負責。
稅務機關內部負責函調工作的職能部門應指定專職或兼職人員負責管理，應對函調工作分別設置相應的起草、復核、簽發崗位和權限，并建立崗位監督制約機制。函調中發現涉嫌騙取出口退稅的，應將函調中取得的相關資料報請主管局長核簽后，移交同級稽查部門查處。稽查部門在接收時應做好審核、簽收、登記工作。
出口貨物稅收函調工作一律使用出口貨物稅收函調系統（下稱函調系統）進行。調查函、復函、延期復函說明等函件，應使用函調系統進行起草、簽發和傳送，可不郵寄紙質函件。發函地稅務機關要求郵寄紙質函件的，復函地稅務機關應及時郵寄。
辦法明確了核查和發函規程，主管出口退稅的稅務機關（下稱退稅機關），對出口企業申報的出口退（免）稅有下列情形之一的，應要求出口企業填報《外貿企業出口業務自查表》或《生產企業出口業務自查表》，并分析有關內容：出口業務涉及國家稅務總局預警信息，包括國家稅務總局預警出口企業、國家稅務總局預警供貨企業、國家稅務總局預警出口商品等。稅務系統內部提供涉嫌騙取出口退稅線索的。稅務系統以外部門提供涉嫌騙取出口退稅線索的。出口企業及供貨企業均屬關注企業，且出口關注商品的。關注企業首次出口關注商品的。出口企業首次從關注企業購進關注商品出口的。有下列情形，且出口企業蓋有公章的書面理由不充分的：出口貨物換匯成本高于合理上限的。出口關注商品，且關注商品出口數量月度增幅超過20%或出口單價與上次申報相比超過10%。出口關注商品，且關注商品進貨單價與上次申報相比超過10%。跨境貿易人民幣結算業務經分析異常的。退稅機關認為需要調查的其他情況，比如發現供貨企業所在地、貨物啟運地、報關口岸、離境口岸、出口國別、運輸方式等內容兩項或多項之間明顯有悖常理,首次出口非傳統商品且屬跨大類商品出口企業無充分的蓋有公章的書面理由的等。
退稅機關經對《外貿企業出口業務自查表》或《生產企業出口業務自查表》分析核查后未發現明顯疑點的，可根據審核、審批程序辦理出口退稅；核查后不能排除明顯疑點的，應通過函調系統向出口貨物供貨企業所在地縣以上稅務機關發函調查，并依據復函情況按規定進行處理。未收到復函前，對于尚未辦理的出口退稅，暫不辦理。對需要函調的業務，由出口企業所在地縣以上稅務機關主管局長審批后進行發函調查。
對下列情況可不按辦法規定核查，也可不發函調查：函調未發現問題，回函一年內從同一供貨企業購進同類商品的出口業務。出口企業從同一供貨企業購貨，月出口申報退稅額不超過10萬元的。但出口企業從多家供貨企業購進出口業務有第五條所列疑點的除外。口到香港、澳門、臺灣、東南亞國家、陸路毗鄰國家以及海關特殊監管區域以外的國家和地區（不包括通過上述國家和地區轉口），且出口商品不屬于價值較高、退稅率高、體積較小或重量較輕的商品，也沒有將不退稅或低退稅率貨物申報為高退稅率貨物商品代碼疑點的。使用稅務機關代開的發票申報出口退稅的。進料加工出口業務。核查過程中出口企業自愿放棄并自愿收回出口退（免）稅申報的。稅務機關在核查過程中疑點特別異常的不受上述條件限制。
負責發函的稅務部門應及時通過函調系統查閱復函情況，收到復函后應及時處理，1個月內仍未收到復函或延期復函說明的，可逐級向省國稅局反映。省國稅局經協調、督促仍未復函的，將有關情況向國家稅務總局如實反映。
關于復函規程，辦法指出，復函地稅務機關應及時通過函調系統查閱待復函情況，在收到出口貨物稅收函調的調查函后，要求供貨企業填報《供貨企業自查表》，對《供貨企業自查表》內容及綜合征管系統中該企業的有關情況分析，并派2位以上稅務人員對供貨企業進行實地核查。復函地稅務機關在對供貨企業進行核查時，出口貨物屬供貨企業外購或委托加工的，如認為其外購業務或委托加工業務的真實性存在疑點的，也可通過函調系統向其上游企業發函調查。
供貨企業拒絕、逃避或者以其他方式導致稅務機關無法正常核查的，復函地稅務機關可按稅收管理及發票管理規定處理。核查中發現重大稅收違法行為的，應將取得相關線索資料報請主管局長核簽后，移交同級稽查部門查處。稽查部門在接收時應做好審核、簽收、登記工作。
復函地稅務機關應在收到調查函后1個月內，根據對供貨企業的核查情況，經復函地縣以上稅務機關分管局領導審批后按照函調系統中的內容及格式復函。如因特殊情況不能按時復函的，應在1個月內向發函單位說明原因及復函的具體時間，延期復函時間一般不得超過3個月。如供貨企業核查時正被國家有關部門進行增值稅調查，復函地稅務機關應在有關部門調查完畢后核查并及時復函。復函地稅務機關應根據復函具體內容和情況，對應函調系統中規定的復函類型進行復函。對復函類型為“經調查有疑點尚未核查完畢”的，待核查完畢后，必須再次復函，將處理情況及時函告發函機關。復函后發現有與原復函內容不一致的新情況的，也應及時再次函告發函單位。復函以最后一次內容為準。
辦法最后明確了復函的處理規程。退稅部門收到復函后，經退稅機關負責人審批后按以下方式進行處理：
復函確認供貨企業存在下列情況之一的，不得辦理出口退稅，對已辦理出口退稅的，應將出口退稅款追回。按規定需要征稅的，應予征稅。需要立案查處的，退稅部門應及時按照有關規定，將有關資料移交稽查部門立案查處：供貨企業銷售該批貨物開出的增值稅專用發票為虛開發票。供貨企業銷售貨物屬自行生產的，其生產設備、工具不能生產該種貨物，或該企業不具備該批貨物產能的。供貨企業銷售該批非自產貨物的購進業務不真實。供貨企業銷售該批貨物為委托加工產品，其委托加工業務不真實。供貨企業被注銷或被認定為非正常戶后開出增值稅專用發票的。供貨企業實際銷售的貨物與增值稅專用發票所列貨物不一致的，或出口企業從供貨企業采購的貨物與其實際出口貨物不一致的。其他按規定不予辦理出口退稅的情況。
復函確認供貨企業存在下列疑點之一的，暫緩辦理出口退稅，對已辦理出口退稅的，應按照該復函所涉及退稅額暫扣該企業其他已審核通過的應退稅款，無其他應退稅款或應退稅款小于該復函所涉及退稅額，可由出口企業提供差額部分的擔保。待復函稅務機關再次復函排除相應疑點后，方可辦理出口退稅：供貨企業銷售該批貨物開出的增值稅專用發票為涉嫌虛開發票。供貨企業銷售該批自產貨物，復函的具體情況說明中提出其生產能力存在疑點的。供貨企業銷售該批非自產貨物，復函的具體情況說明中提出其購進業務存在疑點的。供貨企業銷售的貨物為委托加工產品，復函的具體情況說明中提出其委托加工業務存在疑點的。其他按規定或復函機關認為需要進一步核查的情況。
根據復函，結合退稅部門對出口企業核查的情況仍存在下列疑點之一的，暫緩辦理出口退稅，已辦理退稅的，應按照該復函所涉及退稅額暫扣該企業其他已審核通過的應退稅款，無其他應退稅款或應退稅款小于該復函所涉及退稅額，可由出口企業提供差額部分的擔保。待排除相應疑點后，方可辦理出口退稅：存在或涉嫌存在《國家稅務總局商務部關于進一步規范外貿出口經營秩序切實加強出口貨物退（免）稅管理的通知》（國稅發〔2006〕24號）第二條規定的七種不予辦理出口退稅情況之一的。供貨企業存在將貨物發往非購貨方地址或非該批出口業務出口口岸，且無蓋有公章的書面合理原因的。有關國內進貨、出口收匯、付款、國內外運輸費用憑證及相關合同不齊全無合理理由或內容及邏輯存在明顯疑點的情況。該批出口貨物已收匯，但供貨企業實際收到貨款及稅款與應收貨款及稅款比率低于85%且無蓋有公章的書面合理原因的。出口貨物非購買方付款占應收款比率15%以上且無蓋有公章的書面合理原因的。存在其他暫時無法排除的明顯疑點的情況。
復函確認供貨企業存在下列疑點之一，退稅部門對出口企業核查也存在明顯疑點的，暫緩辦理出口退稅，待復函稅務機關再次復函排除相應疑點后，方可辦理出口退稅：供貨企業被認定為非正常戶，至復函日止仍欠繳增值稅的，或被調查商品為消費稅應稅貨物仍欠消費稅稅款的，且欠繳稅款大于等于應退稅款。經稅務機關實地核查，供貨企業查無下落，導致復函稅務機關無法核實有關情況。供貨企業被認定為非正常戶之前3個月內開具增值稅專用發票但該企業未接受核查。
不存在上述所述情況，為正常業務復函。退稅機關應根據出口退稅審核、審批相關規定辦理出口退稅。