根據《國家稅務總局關于取消“單位和個人從事技術轉讓、技術開發業務免征營業稅審批”后有關稅收管理問題的通知》（國稅函[2004]825 號）規定，《財政部、國家稅務總局關于貫徹落實<中共中央、國務院關于加強技術創新，發展高科技，實現產業化的決定>有關稅收問題的通知》（財稅字[1999]273 號）第二條第三款有關“單位和個人（不包括外資企業、外籍個人）從事技術轉讓、開發業務申請免征營業稅時，須持技術轉讓、開發的書面合同，到納稅人所在地省級科技主管部門進行認定，再持有關的書面合同和科技主管部門審核意見證明報當地省級主管稅務機關審核”予以取消。取消審核手續后，納稅人的技術轉讓、技術開發的書面合同仍應到省級科技主管部門進行認定，并將認定后的合同及有關證明材料文件報主管地方稅務局備查。主管地方稅務局要不定期地對納稅人申報享受減免稅的技術轉讓、技術開發合同進行檢查，對不符合減免稅條件的單位和個人要取消稅收優惠政策，同時追繳其所減免的稅款，并按照《稅收征收管理法》的有關規定進行處罰。

　　根據上述規定，如果企業能夠自行開具轉讓無形資產發票，則可以就此部分收入免繳營業稅，同時企業需要按上述規定將相關資料準備備查；如果如問題所述情況需要到當地主管稅務機關代開發票，則需要將有關資料先向相關部門（通常是分局的政策法制科）進行報備，再由稅務機關代開發票，如果符合免稅條件，通常是可以直接減免，即只開具發票不繳納營業稅，一般不會采取先繳納稅款再退稅的做法。