1.關于利息收入及租金收入的時間確認問題
根據新企業所得稅法及其實施條例有關規定，利息收入按照合同約定的債務人應付利息的日期確認收入的實現；租金收入按照合同約定的承租人應付租金的日期確認收入的實現。
2.核定征收企業所得稅的納稅人有關收入確認問題
（1）按照《企業所得稅核定征收辦法》（國稅發[2008]30號）采用核定應稅所得率辦法繳納企業所得稅的納稅人，其應稅收入額為收入總額減除稅法規定的不征稅收入、免稅收入后的余額。
用公式表示為：
應稅收入額=收入總額-不征稅收入-免稅收入
其中，收入總額為企業以貨幣形式和非貨幣形式從各種來源取得的收入。
（2）采用核定應稅所得率征收企業所得稅的納稅人取得主營業務以外的轉讓財產收入（包括轉讓固定資產、生物資產、無形資產、股權、債權等取得的收入），若該項財產轉讓的收入和計稅基礎能準確核算的，應把轉讓財產收入全額減除財產凈值和實際支付的與轉讓財產相關稅費后的余額（如余額為負數按零）計入應納稅所得額計算企業所得稅。
上述財產凈值為有關財產的計稅基礎減除按稅收規定的下限（最低折舊、攤銷年限等）計算的可在稅前扣除的折舊、折耗、攤銷等后的余額。
（3）核定征收企業所得稅的企業取得政策性搬遷收入可按國稅發[2008]30號文件執行：納稅人的生產經營范圍、主營業務發生重大變化，或者應納稅所得額或應納稅額增減變化達到20％的，應及時向稅務機關申報調整已確定的應納稅額或應稅所得率。
3.下列收入可遞延確認
（1）企業重組符合《財政部國家稅務總關于企業重組業務企業所得稅處理若干問題的通知》（財稅[2009]59號）文件第五條規定條件的，交易各方對其交易中的股權支付部分，可以按以下規定進行特殊性稅務處理：企業債務重組確認的應納稅所得額占該企業當年應納稅所得額50%以上，可以在5個納稅年度的期間內，均勻計入各年度的應納稅所得額。
（2）企業發生涉及中國境內與境外之間（包括港澳臺地區）的股權和資產收購交易，同時符合《關于企業重組業務企業所得稅處理若干問題的通知》（財稅[2009]59號）第五條、第七條第（三）點、第八條規定的，其資產或股權的轉讓收益如選擇特殊性稅務處理，可以在 10 個納稅年度內均勻計入各年度應納稅所得額。
4.不征稅收入
（1）根據《中華人民共和國企業所得稅法實施條例》規定，企業的不征稅收入用于支出所形成的費用或者財產，不得扣除或者計算對應的折舊、攤銷扣除。
（2）對企業在2008年1月1日至2010年12月31日期間從縣級以上各級人民政府財政部門及其他部門取得的應計入收入總額的財政性資金，凡同時符合以下條件的，可以作為不征稅收入，在計算應納稅所得額時從收入總額中減除：①企業能夠提供資金撥付文件，且文件中規定該資金的專項用途；②財政部門或其他撥付資金的政府部門對該資金有專門的資金管理辦法或具體管理要求；③企業對該資金以及以該資金發生的支出單獨進行核算。
（3）企業將同時符合上述規定①、②、③三個條件的財政性資金作不征稅收入處理后，在5年（60個月）內未發生支出且未繳回財政或其他撥付資金的政府部門的部分，應重新計入取得該資金第六年的收入總額；重新計入收入總額的財政性資金發生的支出，允許在計算應納稅所得額時扣除。
（4）根據實施條例第二十八條的規定，不征稅收入用于支出所形成的費用，不得在計算應納稅所得額時扣除；用于支出所形成的資產，其計算的折舊、攤銷不得在計算應納稅所得額時扣除。
（5）企業在按照財稅[2009]87號文件規定把取得的專項用途財政性資金確定為不征稅收入進行年度申報時，必須把該項資金所對應的撥付文件名稱、文號、規定的專項用途、取得時間、使用和結余情況作為年報附列資料申報。
（6）財稅[2009]87號文件中所指的“縣級以上”含縣級。
（7）不征稅收入其他事項參照《關于財政性資金行政事業性收費政府性基金有關企業所得稅政策問題的通知》（財稅[2008]151號）、《轉發財政部國家稅務總局關于專項用途財政性資金有關企業所得稅處理問題的通知》（甬地稅一[2009]110號）等文件執行。
5.免稅收入
（1）安置殘疾人的單位按照《財政部國家稅務總局關于促進殘疾人就業稅收優惠政策的通知》（財稅[2007]92號）規定取得的增值稅退稅或營業稅減稅收入， 2009年度暫按免稅收入申報。
（2）非營利組織的免稅收入按《關于非營利組織企業所得稅免稅收入問題的通知》（財稅[2009]122號）文件規定執行。
6、企業所得稅收入確認除按稅法和實施條例規定和上述規定外，還應按以下文件規定執行：
（1）《國家稅務總局關于確認企業所得稅收入若干問題的通知》（國稅函[2008]875號）
（2）《關于企業政策性搬遷或處置收入有關企業所得稅處理問題的通知》（國稅函[2009]118號）
（3）《關于非營利組織企業所得稅免稅收入問題的通知》（財稅[2009]122號）