三、關于三項收入的納稅銜接處理
新稅法從稅收實現角度考慮，將所得稅確認利息收入、租金收入、特許權使用費收入（以下簡稱“三項收入”）的時點確定為合同約定的應付款日，這與原稅法和財務核算對三項收入按權責發生制原則確認存在差異。因此文件規定，新稅法實施前已按其他方式計入當期的三項收入，新稅法實施后，將該項收入總額減去以前年度已確認收入后的余額，再按合同約定的應付款日確認當期收入。
由于新稅法沒有按照權責發生制確認三項收入，因此2008年及以后年度納稅申報時，對上述三項收入的納稅調整應反映在附表三《納稅調整明細表》第5行“未按權責發生制原則確認的收入”。
【例】某企業2007月年1月與承租人訂立租賃合同，自2007年1月～2009年12月出租房屋3年，每個月租金1萬，承租人于2009年12月一次性支付租金36萬元。
1.企業的賬務處理
（1）2007年度～2009年度每年確認收入時的賬務處理（一共3次）。
借：其他應收款 12
貸：其他業務收入 12
（2）2009年收取租金收入時的賬務處理。
借：銀行存款 36
貸：其他應收款 36
2.企業的納稅申報處理
2007年度企業所得稅納稅申報，依據舊稅法將企業按權責發生制確認的收入12萬元并入應納稅所得額，2008年度由于承租人不支付房租，因此稅收上不確認收入，申報時應將財務上確認的12萬元收入進行納稅調減。附表三《納稅調整明細表》第5行“未按權責發生制原則確認的收入”填報：第1列“賬載金額”12萬元，第2列“稅收金額”0，第3列“調增金額”0，第4列“調減金額”12萬元。2009年度由于合同約定承租人于6月支付房租36萬元，納稅申報時按98號文件要求，按總收入36萬元減去2007年度已確認的12萬元收入后的余額24萬元確認其2009年度租金收入。附表三《納稅調整明細表》第5行“未按權責發生制原則確認的收入”填報：第1列“賬載金額”12萬元，第2列“稅收金額”36萬元，第3列“調增金額”24萬元，第4列“調減金額”0。
四、關于以前年度職工福利費余額的納稅處理
新稅法強調稅前扣除的職工福利費是工資、薪金14%額度內的實際發生額，因此新舊政策銜接中要求：2008年及以后年度發生的職工福利費，應首先沖減2008年以前按照規定計提但尚未使用的職工福利費余額，不足部分按新稅法規定扣除，仍有余額的，繼續留在以后年度使用。
【例】某企業執行新準則，2007年末有職工福利費余額40萬元，2008年扣除限額80萬元，2008年職工福利費發生100萬元。
1.2008年度賬務處理
借：管理費用——職工福利 100
貸：應付職工薪酬——職工福利 100
借：應付職工薪酬——職工福利 100
貸：銀行存款 100
2.納稅申報處理
（1）計算該企業2008年度應沖減以前年度職工福利費余額后，本年發生職工福利費余額為100-40＝60（萬元），60萬元小于扣除限額80萬元，可在稅前扣除。
（2）2008年可以稅前扣除的職工福利費為40＋60＝100（萬元）。
（3）2008年度企業納稅申報時，需要對準予扣除的“稅收金額”進行確認，上述計算中企業2008年度實際發生的100萬元職工福利費都可以在稅前扣除，因此“稅收金額”為100萬元。附表三《納稅調整明細表》第23行“職工福利費支出”填報：第1列“賬載金額”100萬元，第2列“稅收金額”60萬元，第3列“調增金額”40萬元。
五、關于以前年度職工教育經費余額的處理
文件規定，對于2008年以前已計提但尚未使用的職工教育經費余額，2008年及以后新發生的職工教育經費應先從余額中沖減，仍有余額的，留在以后年度繼續使用。
六、關于工效掛鉤企業工資儲備基金的處理
對于原執行工效掛鉤辦法的企業稅前扣除實際動用的以前年度工資儲備，國稅發[2008]101號文件明確，原執行工效掛鉤辦法的企業，動用以前年度工資儲備實際發放時，可以進行納稅調減。因此文件明確，原執行工效掛鉤辦法的企業，在2008年1月1日以前已按規定提取，但因未實際發放而未在稅前扣除的工資儲備基金余額，2008年及以后年度實際發放時，可在實際發放年度企業所得稅前據實扣除。
【例】某執行工效掛鉤的企業，國資委批準其2006年工效掛鉤額度為100萬元，2006年當年實際發放工資、薪金80萬元，其中20萬元做為工資儲備。2008年度該企業除實際發放當年工資50萬元外，一并發放2006年度工資儲備余額20萬元。
1.該企業賬務處理：
2006年度提取時：
借：管理費用 100
貸：應付工資 100
2006年度發放時：
借：應付工資 80
貸：銀行存款 80
2008年度對實際發放20萬元工資儲備余額的處理：
借：應付工資 20
貸：銀行存款 20
2.納稅申報處理
企業的賬務處理中2008年度實際發放的20萬元工資儲備余額，在2006年度已經計入費用，由于沒有實際發放，在2006年度已作納稅調增。2008年實際發放時不再計入費用，因此該企業2008年度利潤總額中不包括此項費用，應在附表三中做納稅調減。附表三《納稅調整明細表》第22行“工資薪金支出”填報：第1列“賬載金額”50萬元，第2列“稅收金額”70（50＋20）萬元，第3列“調增金額”0，第4列“調減金額”20萬元。