1、與《醫院會計制度》（1998）比較，正式下發的《醫院會計制度》（2010），其與《企業會計制度》上形式上更加趨同，增加了“短期投資”“長期投資”“累積折舊”和“應付票據”科目，實際上說明了有關部門認可醫院的投資行為和票據融資行為，認為在財務核算上應將醫院作為獨立經濟核算單位。

　　2、與《醫院會計制度[征求意見稿]》比較，正式下發的《醫院會計制度》（2010），取消了有關預算的有關要求，更加符合財務會計核算的精神，畢竟，預算信息實際上屬于管理要求，直接強加在會計核算上不合適。

　　3、《醫院會計制度》（2010）設立了“待沖基金”科目，核算國家專項財政補助承擔的醫療成本，有利于真實反映醫院的醫療成本。

　　4、與《企業會計制度》對企業的財務報表附注要求不同，《醫院會計制度》（2010）增加了財務狀況說明書，以達到對財務管理包括預算管理、成本管理方面信息的要求，這是比《企業會計制度》規定上更加完善的方面，同時，也有利于國家加強對醫院管理方面的信息了解。

　　5、與《醫院會計制度[征求意見稿]》比較，正式下發的《醫院會計制度》（2010）取消了“生產成本”科目，是否妥當有些保留意見，實際情況是，大型綜合醫院均存在自制制劑的情況，對于成本的核算，應采取企業成本核算的方法和思路比較恰當。