投資效益審計與投資財務收支審計不同，涉及面廣，難度大，又比較復雜。因此，投資效益審計除應用投資財務收支審計的方法外，還應建立一套科學適用的審計指標體系，通過定量與定性分析，得出比較準確的結論。投資效益審計針對不同的審計內容應主要設立以下 指標考核：

　　（一）建設速度審計

　　由于在保證質量的前提下，加快項目建設速度，快速形成生產能力，就能加速資金周轉，提高投資效益。因此，對建設速度的審計應設立建設工期和達到設計能力兩個指標考核：

　　1.建設工期審計指標。建設工期是指建設項目或單項工程從開工建設至建成投產為止所經歷的時間，分為設計定額工期和實際建設工期，審計中應將這兩個指標對比：

　　　　　　　　　　　　 竣工建設項目實際工期
    建設項目定額工期率=———————————— ×100%
                       　竣工建設項目設計定額工期

　　　　　　　　　　　　 竣工各單項工程實際工期
    單項工程定額工期率= ——————————————×100%
                      　　竣工各單項工程設計定額工期

　　通過這兩個指標的對比，可以得出建設項目或單項工程是提前建成，還是延期建成，并分析其原因，提出審計建議。

　　2.達到生產能力年限的審計。達到設計生產能力年限是指建設項目或單項工程從投產至達到設計生產能力為止所經歷的時間。由于在達到設計生產能力之前，產品產量、質量、成本、勞動生產率、盈利等指標均不穩定，達不到設計的要求，相應的要造成一定的經濟損失，不過這個相對損失是客觀存在的，并在設計合理年限范圍內允許。因此，對達到生產能力年限的審計應以達產前造成的實際經濟損失多少來判斷：

　　L=T〔（C1-C0）Q1+E.F（1-Q1/Q0）〕

　　上式中，L為實際達到設計能力年限的經濟損失，T為達到設計能力實際所需的年限，C1為達到設計能力前的單位產品實際成本，C0為達到設計能力時的單位產品實際成本，Q1為達到設計能力前的實際平均年產量，Q0為達到設計能力時的年產量，F為建成投產的固定資產價值，E為標準投資效果系數。

　　通過計算得出實際達到設計能力年限的經濟損失，再與設計文件中達到設計能力年限的經濟損失相比較，如果數額越小，說明經濟損失愈小，反之，則經濟損失越大。應分析其原因，針對存在的問題，提出改善管理，降低成本，加強質量控制，提高勞動生產率的建議。

　　（二）工程質量審計。按國家現行標準規定，工程質量可劃分為優良工程、合格工程和不合格工程三個等級。凡竣工并經驗收的建設項目單位工程都可評出工程質量等級。審計時應設立以下三個指標考核：

　　                  　優良單位工程個數
    優良工程品率=——————————————×100%
               　　　 建設項目全部單位工程個數

　　                　　 合格單位工程個數
 　 合格工程品率=——————————————×100%
                   　　　建設項目全部單位工程個數

　　                 　　　不合格單位工程個數
  　不合格工程品率= —————————————— ×100%
                     　　　建設項目全部單位工程個數

　　通過以上公式計算可得出優良工程、合格工程、不合格工程所占全部單位工程的比重，評價工程質量情況，并對不合格工程應查明原因和責任，對由于施工方責任造成的質量問題，應按規定建議無償返工；對由于建設方責任或不明原因造成的質量問題，應建議采取加固補修等補救措施，否則不能交付使用。

　　（三）建設成本審計。對建設成本的審計主要應通過計算工程成本降低率、單位生產能力投資、報廢工程支出率三個指標進行考核。

　　　　　　　　　　　預算價與實際成本之差
  　工程成本降低率=————————————×100%
    　　　　　　　　　各單位工程預算成本之和

　　通過計算這個指標，可以得出實際建設成本比設計成本降低或超支額，并得出與設計成本之間比率，考察分析建設成本管理的有效性。

　　　　　　　　　　 　建設項目實際交付使用成本
　  單位生產能力投資= —————————————×100%
   　　　　　　　　　　　交付使用項目所增生產能力

　　通過計算這個指標，可以得出每個單位生產能力所耗費的投資額，并與同行業或歷史水平比較，考察分析單位生產能力投資的高低。

　　　　　　　　　　　 　  報廢工程支出
 　 報廢工程支出比率=——————————×100%
  　　　　　　　　　　　　項目建設總成本

　　通過計算這個指標，可以得出在建設過程中因主客觀原因發生的報廢工程支出與建設總成本之間的比率，考察分析這類支出的比重，查找其主客觀原因，提出防止損失浪費的建議。

　　（四）建設項目投產后收益的審計。對建設項目收益的審計應設立新增固定資產價值率、投資利潤率、投資回收期、貸款償還期等四個指標進行考核。

　　　　　　　　　　　　　　本期新增總產值
    新增固定資產產值率=——————————×100%
   　　　　　　　　　　　本期新增固定資產價值

　　通過這個指標，可以得出項目單位固定資產價值所新創造的產品價值。比率越高，說明項目投入產出率越大，反之，則越小。

　　 　　　　　　　項目投產后的年利潤總額
  　投資利潤率=——————————————×100%
    　　　　　　　　　建設項目投資總額

　　通過計算這個指標，可以得出項目的獲利能力。這個比率越大，說明獲利能力越強，反之，則越弱。

　　　　　　　　　ｎ
   　投資回收期：I=∑ （S-C′-T）
   　　　　　　　　i=1

　　上式中，I為項目投資總額，S為年銷售收入，C′為不含折舊的年經營總成本，T為年銷售稅金，N為投資回收期。

　　通過計算這個指標，可以得出項目以凈利潤及折舊的形式賺回投資總額所需要的時間，再與可研報告確定的投資回收期相比較，得出項目實際投資回收期的長短，投資回收期越短，說明投資經濟效益越好，反之，則越差。

　　　　　　　　　Pb
   　貸款償還期：Ib=∑（F+D+F0）
   　　　　　　　　 i=1

　　上述中，Ib為投資中的貸款本金和利息，F為年凈利潤，D為可用作償還貸款的折舊，F0為可用作償還貸款的基建收入留成等其他資金，Pb為貸款償還期。

　　通過計算這個指標，可以得出償還貸款的期限，再與可研確定的貸款償還期比較，可得出貸款償還期的長短，并可考察分析項目投產后的償債能力。

　　審計人員應對收集、計算的以上經濟指標數據進行認真分析、審查和核對，去偽存真，去粗求精，要運用分析性復核的審計方法對有關數據指標進行充分驗證，判斷其準確性；還要按照審計的程序對一些數據指標進行取證，以取得被審計單位對有關基礎數據資料的認可。

　　建設項目投資效益審計在運用以上傳統財務收支審計方法和計算經濟效益指標審計方法的基礎上，經過綜合分析，全面論證，與建設單位有關人員交換意見，在征求與項目建設有關的設計勘察、施工、監理、供貨和政府有關部門等單位意見后，才能得出評價意見，提出改進管理的建議，最后完成投資效益審計報告。