不應扣除的成本費用未調整應納稅所得。這種錯誤在現實中較多，一是以不合規票據列支的成本費用未能調整應納稅所得。實務中，有些企業經常以“無抬頭”、“抬頭名稱不是本企業”、“抬頭為個人”或以前年度發票為依據列支成本費用，這些成本費用違反了稅法所要求的真實性原則，應當調整應納稅所得，而在實際工作中未調整應納稅所得。二是因核算不正確或不準確而多結轉的成本費用未調整應納稅所得。如一些企業隨意改變成本核算、成本結轉方法，以致于違反會計準則多結轉生產成本費用，按照稅法規定，這些多結轉的生產成本費用就不能扣除，就應調整應納稅所得，而在實際操作中沒有調整應納稅所得。三是未實際發放的工資未調整應納稅所得。依照稅法規定，可以在企業所得稅稅前扣除的工資應當是企業已實際發放且屬于合理的工資，而那些未實際發放，如一些企業計提未發給職工的工資，就應調整應納稅所得，可在現實中不少企業就沒有調整應納稅所得。

　　權益性投資所得未按規定調整應納稅所得。一種情形是符合條件的居民企業之間的股息、紅利等權益性投資收益，來按規定調整應納稅所得。所謂符合條件是指居民企業直接投資于其他居民企業取得的投資收益；另一種情形是在中國境內設立機構場所的非居民企業從居民企業取得與該機構場所有實際聯系的股息、紅利等權益性投資收益，未按規定調整應納稅所得。須注意的是上述兩方面所取得的股息、紅利等權益性投資收益，均不包括連續持有居民企業公開發行并上市流通的股票不足12個月取得的投資收益。

　　從事農、林、牧、漁業項目的所得未調減應納稅所得。就是一些企業將全額調減與減半調減相混淆。按稅法規定，企業從事下列項目（①蔬菜、谷物等的種植；②農作物新品種的選育；③中藥材的種植；④林木的培育和種植；⑤牲畜、家禽的飼養；⑥林產品的采集；⑦農、林、牧、漁服務業項目；⑧遠洋捕撈）的所得，應全額調減應納稅所得，而有的企業減半調減；也有一些企業對從事花卉、茶以及其他飲料作物和香料作物的種植；海水養殖、內陸養殖項目的所得，應減半調減應納稅所得，而一些企業則是全額調減。

　　從事國家重點扶持的公共基礎設施項目的所得未按規定調減應納稅所得。如企業從事《公共基礎設施項目企業所得稅優惠目錄》規定的港口碼頭、機場、鐵路、公路、城市公共交通、電力、水利等項目的投資經營所得，自項目取得第一筆生產經營收入所屬納稅年度起，第一年至第三年應全額調減應納稅所得，第四年至第六年應減半調減應納稅所得，而不少企業在匯算清繳中卻是全額調減。還有的企業承包經營、承包建設和內部自建自用上述項目，按稅法規定不得調減應納稅所得，而這些企業在匯算清繳中全額調減或減半調減應納稅所得。

　　從事符合條件的環境保護、節能節水項目的所得未按規定調減應納稅所得。一些企業從事符合國家所明確規定的公共污水處理、公共垃圾處理、沼氣綜合開發利用、節能減排技術改造、海水淡化等項目的具體條件和范圍的所得，按稅法規定，自項目取得第一筆生產經營收入所屬納稅年度起，第一年至第三年可全額調減應納稅所得，第四年至第六年只能減半調減應納稅所得，而有些企業在第四年至第六年仍然全額調減應納稅所得。

　　符合條件的技術轉讓所得未按規定調減應納稅所得。按稅法規定，一個納稅年度內，居民企業技術轉讓所得不超過500萬元的部分，應全額調減應納稅所得；超過500萬元的部分，只能減半調減應納稅所得，可一些企業卻是全額調減應納稅所得。

　　加計扣除事項未按規定調減應納稅所得。一種情況是企業為開發新技術、新產品、新工藝發生的研究開發費用，未形成無形資產計入當期損益的，在按照規定據實調減應納稅所得的基礎上，不是按照研究開發費用的50%加計調減應納稅所得；形成無形資產的，不是按照無形資產成本的150%攤銷；另一種情況是企業安置殘疾人員的，在按照支付給殘疾職工工資據實調減應納稅所得的基礎上，不是按照支付給殘疾職工工資的100%加計調減應納稅所得。

　　創投企業未按規定調減應納稅所得。少數創投企業采取股權投資方式投資于未上市的中小高新技術企業2年以上的，不是按照其投資額的70%在股權持有滿2年的當年抵扣該創業投資企業的應納稅所得額，而是按照其投資額的80%或更多甚至于全額調減應納稅所得。

　　資源綜合利用所得未按規定調減應納稅所得。企業以《資源綜合利用企業所得稅優惠目錄》規定的資源作為主要原材料，且該原材料占生產產品材料的比例不低于《資源綜合利用企業所得稅優惠目錄》規定標準的，生產國家非限制和禁止并符合國家和行業相關標準的產品取得的收入，應減按90%計入收入總額，而在實務中有些企業不是未減按90%比例計入收入總額，就是原材料占生產產品材料的比例低于《資源綜合利用企業所得稅優惠目錄》規定的標準，仍然減按90%計入收入總額。