稅務審計就其本身所具有的內在功能來講，其職能主要有四項：

　　（一）監督

　　監督是稅務審計最基本的職能，具體地說，就是稅務機關的管理部門在稅收法律和法規的約束范圍內，對納稅人生產經營和履行納稅義務、扣繳義務情況的真實性和公允性進行監督，并通過審查，揭示其錯弊，督促納稅人遵守國家的稅收法律、法規，履行納稅義務和扣繳義務，使其經營行為和納稅行為做到合法、有效。

　　（二）評價

　　評價就是通過審查驗證，依據鑿實的數據及資料，對納稅人財務核算成果是否真實合法、納稅義務和扣繳義務是否依法履行進行評價。它是在監督的基礎上，對納稅人取得的成就、存在的不足給予更深刻的揭示和說明，從而使納稅人能不斷提高經營水平和納稅遵從度。

　　（三）鑒證

　　鑒證是審計活動具有的一種共性職能，稅務審計也不例外。它是通過審核和查驗，依審查的結果向納稅人出具查驗證明。這種證明以書面形式公示出納稅人在財務核算和納稅行為上的真實結果，其內容和形式都是符合法律規范的，因而具有法律效力。

　　（四）服務

　　稅務審計的服務職能主要體現在兩個層面：其一，納稅人財務核算和納稅申報真實、正確、可靠與否，將直接涉及國家、投資人甚至債權人的利益，通過稅務審計，揭示問題，規范行為，為納稅人在該做什么、如何做好上提供法律參照和規范。因此，從微觀管理層面上講，稅務審計本身就是一種服務。其二，通過稅務審計的介入，使得國家在稅收管理的法律、法規、政策、制度和辦法等方面存在的問題得以發現和歸集，為進一步完善稅收管理制度，提高稅收管理水平提供導向和思路，進而為國家宏觀管理決策提供服務。

　　稅務審計的一個作用就是，通過分析企業業務流程，查找企業經營管理上的漏洞，提出合理化的建議；查找企業潛在的稅務問題，提出稅務預警，它是一種變被動的服務為主動的服務。

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