高新技術企業認定的程序如下：

　　（一）企業自我評價及申請

　　企業登錄“高新技術企業認定管理工作網”，對照本辦法第十條規定條件，進行自我評價。認為符合認定條件的，企業可向認定機構提出認定申請。

　　（二）提交下列申請材料

　　1. 高新技術企業認定申請書；

　　2. 企業營業執照副本、稅務登記證（復印件）；

　　3. 知識產權證書（獨占許可合同），新產品或新技術證明（查新）材料、產品質量檢驗報告、省級以上科技計劃立項證明，以及其他相關證明材料；

　　4. 企業職工人數、學歷結構以及研發人員占企業職工的比例說明；

　　5. 經具有資質的中介機構鑒證的企業近三個會計年度研究開發費用情況表（實際年限不足三年的按實際經營年限），并附研究開發活動說明材料；

　　6. 經具有資質的中介機構鑒證的企業近三個會計年度的財務報表（含資產負債表、損益表、現金流量表，實際年限不足三年的按實際經營年限）以及技術性收入的情況表。

　　（三）合規性審查

　　認定機構應建立高新技術企業認定評審專家庫;依據企業的申請材料，抽取專家庫內專家對申報企業進行審查，提出認定意見。

　　（四）認定、公示與備案

　　認定機構對企業進行認定。經認定的高新技術企業在“高新技術企業認定管理工作網”上公示15個工作日，沒有異議的，報送領導小組辦公室備案，在“高新技術企業認定管理工作網”上公告認定結果，并向企業頒發統一印制的“高新技術企業證書”。

　　第十二條 高新技術企業資格自頒發證書之日起有效期為三年。企業應在期滿前三個月內提出復審申請，不提出復審申請或復審不合格的，其高新技術企業資格到期自動失效。

　　第十三條 高新技術企業復審須提交近三年開展研究開發等技術創新活動的報告。

　　復審時應重點審查第十條(四)款，對符合條件的，按照第十一條（四）款進行公示與備案。

　　通過復審的高新技術企業資格有效期為三年。期滿后，企業再次提出認定申請的，按本辦法第十一條的規定辦理。

　　第十四條 高新技術企業經營業務、生產技術活動等發生重大變化（如并購、重組、轉業等）的，應在十五日內向認定管理機構報告；變化后不符合本辦法規定條件的，應自當年起終止其高新技術企業資格;需要申請高新技術企業認定的，按本辦法第十一條的規定辦理。

 　　高新技術企業更名的，由認定機構確認并經公示、備案后重新核發認定證書，編號與有效期不變。