根據《增值稅暫行條例》規定，設分支機構的企業該如何納稅申報，要分情況而定：

　　（1）總、分機構在同一縣（市）的，如果統一核算，總機構應統一納稅申報；如果單獨進行核算，總、分機構應分別進行納稅申報。

　　（2）總機構和分支機構不在同一縣（市）的，應當分別向各自所在地主管稅務機關申報繳納增值稅。經國家稅務總局或其授權的稅務機關批準，可以由總機構匯總向總機構所在地主管稅務機關申報繳納增值稅。

　　（3）如屬消費稅納稅范圍，根據《消費稅暫行條例實施細則》規定，納稅人的總機構與分支機構不在同一縣（市）的，應在生產應稅消費品的分支機構所在地繳納消費稅，但經國家稅務總局及所屬稅務局批準，納稅人分支機構應納消費稅稅款也可由總機構匯總向總機構所在地主管稅務機關繳納。