為鼓勵企業(yè)開展研究開發(fā)活動，新《企業(yè)所得稅法》文件明確作出規(guī)定：“企業(yè)開發(fā)新技術、新產品、新工藝發(fā)生的研究開發(fā)費用計入當期損益未形成無形資產的，允許再按其當年研發(fā)費用實際發(fā)生額的50%，直接抵扣當年的應納稅所得額；研發(fā)費用形成無形資產的，按照該無形資產成本的150%在稅前攤銷”。但不是只要研發(fā)費就可以稅前扣除，筆者總結了以下十種情況，不能享受稅收優(yōu)惠。
這十種情形分別是：
一、財務核算不健全且不能準確歸集研發(fā)費用的企業(yè)發(fā)生的研發(fā)費不得加計扣除。
二、非創(chuàng)造性運用科技新知識，或非實質性改進技術、工藝、產品（服務）發(fā)生的研發(fā)費不得加計扣除。
對企業(yè)從事研究開發(fā)活動而發(fā)生的研究開發(fā)費用支出允許加計扣除。
三、不屬于稅法列舉的研發(fā)費用支出不得加計扣除。
企業(yè)從事《國家重點支持的高新技術領域》和國家發(fā)展改革委員會等部門公布的《當前優(yōu)先發(fā)展的高技術產業(yè)化重點領域指南（2007年度）》規(guī)定項目的研究開發(fā)活動，其在一個納稅年度中實際發(fā)生的下列費用支出，允許在計算應納稅所得額時按照規(guī)定實行加計扣除：
1.新產品設計費、新工藝規(guī)程制定費以及與研發(fā)活動直接相關的技術圖書資料費、資料翻譯費。
2.從事研發(fā)活動直接消耗的材料、燃料和動力費。
3.在職直接從事研發(fā)活動人員的工資、薪金、獎金、津貼和補貼。
4.專門用于研發(fā)活動的儀器、設備的折舊費和租賃費。
5.專門用于研發(fā)活動的軟件、專利權、非專利技術等無形資產的攤銷費用。
6.專門用于中間試驗和產品試制的模具、工藝裝備開發(fā)及制造費。
7.勘探開發(fā)技術的現(xiàn)場試驗費。
8.研發(fā)成果的論證、評審和驗收費用。
四、委托外單位進行開發(fā)的研發(fā)費用，由委托方按照規(guī)定計算加計扣除，受托方不再加計扣除。
《企業(yè)研究開發(fā)費用稅前扣除管理辦法（試行）》第6條規(guī)定：“對企業(yè)委托給外單位進行開發(fā)的研發(fā)費用，凡符合條件，由委托方按照規(guī)定計算加計扣除，受托方不得再進行加計扣除。”
五、委托外單位進行開發(fā)的研發(fā)費用，對委托開發(fā)的項目，受托方應向委托方提供該研發(fā)項目的費用支出明細情況，否則，該委托開發(fā)項目的費用支出不得實行加計扣除。
六、納稅人未按規(guī)定報備的開發(fā)項目研發(fā)費用不得享受加計扣除的優(yōu)惠政策。
企業(yè)必須對研究開發(fā)費用實行專賬管理，同時必須按照《企業(yè)研究開發(fā)費用稅前扣除管理辦法（試行）》附表的規(guī)定項目，準確歸集填寫年度可加計扣除的各項研究開發(fā)費用實際發(fā)生金額。企業(yè)應于年度匯算清繳所得稅申報時向主管稅務機關報送本辦法規(guī)定的相應資料。
企業(yè)在一個納稅年度內進行多個研究開發(fā)活動，應按照不同開發(fā)項目分別歸集可加計扣除的研究開發(fā)費用金額。對納稅人申報的研究開發(fā)費用不真實或者資料不齊全的，不得享受研究開發(fā)費用加計扣除。也就是說，研究開發(fā)費用的減免屬于備案式減免，納稅人未按規(guī)定報備不得享受加計扣除的優(yōu)惠政策。
七、企業(yè)集中研究開發(fā)的項目的研發(fā)費應在受益集團成員公司間進行合理分攤，各公司申請加計扣除時，應向稅務機關依法提供協(xié)議或合同，對不提供協(xié)議或合同的，研發(fā)費不得加計扣除。
企業(yè)集團根據生產經營和科技開發(fā)的實際情況，對技術要求高、投資數額大，需要由集團公司進行集中開發(fā)的研究開發(fā)項目，其實際發(fā)生的研究開發(fā)費，可以按照合理的分攤方法在受益集團成員間進行分攤。企業(yè)集團采取合理分攤研究開發(fā)費的，企業(yè)集團應提供集中研究開發(fā)項目的協(xié)議和合同，該協(xié)議或合同應明確規(guī)定參與各方在該研究開發(fā)項目中的權利和義務、費用分攤方法等內容。
如不提供協(xié)議或合同，研究開發(fā)費不得加計扣除。企業(yè)集團采取合理分攤研究開發(fā)費，應當按照權利和義務、費用支出和收益分享一致的原則，合理確定研究開發(fā)費用分攤方法。企業(yè)集團采取合理分攤研究開發(fā)費用，企業(yè)集團母公司負責編制集中研究開發(fā)項目的立項書、研究開發(fā)費用預算表、決算表和決算分攤表。
八、研究開發(fā)費用劃分不清的，不得享受加計扣除。
企業(yè)未設立專門的研發(fā)機構或企業(yè)研發(fā)機構同時承擔生產經營任務的，應對研發(fā)費用和生產經營費用分開進行核算，準確、合理地計算各項研究開發(fā)費用支出，對劃分不清的，不得實行加計扣除。
九、超過5年仍未加計扣除的研發(fā)費用，不再繼續(xù)扣除。
根據《企業(yè)所得稅法》第18條規(guī)定：“企業(yè)納稅年度發(fā)生的虧損，準予向以后年度結轉，用以后年度的所得彌補，但結轉年限最長不得超過5年。”《企業(yè)所得稅實施條例》第10條規(guī)定“《企業(yè)所得稅法》第5條所稱虧損，是指企業(yè)依照企業(yè)所得稅和本條例的規(guī)定將每一納稅年度的收入總額減除不征稅收入、免稅收入和各項扣除后小于零的數額。”由此可見，企業(yè)不論當期是否虧損，都應當按實際發(fā)生的研究開發(fā)費用依法加計扣除。研究開發(fā)費用加計扣除后如果當期的應納稅所得額小于零，可以用以后年度實現(xiàn)的所得彌補，但結轉年限最長不得超過5年。但當企業(yè)連續(xù)5年仍未彌補完的，不論未彌補完的是加計扣除還是非加計扣除所產生的虧損，均不允許繼續(xù)彌補。
十、法律、行政法規(guī)和國家稅務總局規(guī)定不允許在企業(yè)所得稅前扣除的費用和支出項目，均不得計入研發(fā)費用。
如《企業(yè)所得稅法實施條例》第28條規(guī)定："企業(yè)的不征稅收入用于支出所形成的費用或者財產，不得扣除或者計算對應的折舊、攤銷扣除。"如果企業(yè)用財政撥款（財政撥款屬于不征稅收入）用于研究開發(fā)費用的支出，在企業(yè)所得稅上是不允許扣除的，相應也不得享受加計扣除優(yōu)惠政策。