暨2011年首次開展安徽合肥市財政支持工業、自主創新、現代農業、服務業績效評估后，2012年5至9月，安徽省合肥市審計局對該市2011年度自主創新資金使用績效情況進行了專項審計調查，調查重點了解2011年度自主創新資金管理使用和自主創新政策落實情況，延伸審計調查了部分項目單位。調查顯示2011年該市繼續實施推進自主創新若干政策，完善配套管理制度，加大資金投入，取得了較好的社會效益和經濟效益。調查同時指出該市自主創新資金在管理方面存在部分配套制度未及時出臺，兌現不符合政策規定資金，部分“一事一議”項目后期管理不到位等問題。該局在審計調查報告中提出加快完善政策規定的相關配套制度建設、加快制定政策兌現實施細則、加強“一事一議”項目管理等切實可行的建議。報告得到領導高度重視，省委常委、市委書記吳存榮同志批示相關部門要針對審計發現的問題抓緊整改到位。